Parafie w Kokoszkach erygowano 1 stycznia1985 roku, jeszcze w ramach diecezji chełmińskiej, dekretem bp. Mariana Przykuckiego. W latach 1986–1987 na gruncie ufundowanym przez parafian wybudowano dom parafialny z kaplicą według projektu inż. Marka Stępy. Kaplicę poświęcono w 1988 roku.

Od 1992 parafia należy do archidiecezji gdańskiej. Cennym elementem wyposażenia kaplicy jest obraz patrona kościoła, autorstwa Jana Rzepińskiego z 1994 roku. Przy parafii od 1989 roku istnieje cmentarz.

Kościół docelowy, na wschód od domu parafialnego, rozpoczęto budowę w 2000 roku, według projektu mgr. inż. architekta Romualda Cielucha, w 2022 roku ciągle jeszcze nieukończony, ale służący już wiernym. Między innymi w 2020 roku zainstalowano nowe nagłośnienie, wyremontowano kruchtę i rozpoczęto budowę kaplicy Adoracji Najświętszego Sakramentu, a w części gospodarczej otwarto kawiarenkę dla parafian. W 2021 roku zbudowano ukośne ściany w prezbiterium oraz zainstalowano nowe sedilie (siedzenia przy ołtarzu dla służby liturgicznej).

W dolnej kondygnacji kościoła pod prezbiterium znajduje się kaplica w której sprawowane są Msze św. poranne w dni powszednie o godz.: 8:00. Świątynia na planie krzyża łacińskiego z wnętrzem podzielonym na nawę główną i boczne, przykryta dachem wielospadowym z punktem kulminacyjnym w części chórowej (od strony wschodniej). Masywna wieża na planie kwadratu od strony prezbiterium, betonowe imitacje przypór na zewnątrz naw bocznych nadają budowli charakter romański.

Witraże w prezbiterium zaprojektował o. Tomasz Jank  franciszkanin, (wykonano je w latach 2010–2012). Na wieży zainstalowano trzy dzwony, odlane w ludwisarni braci Felczyńskich w Taciszowie: Brat Albert (poświęcony w 2006 roku), Jan Paweł II (2011 roku) i Maryja (2015 roku).

Przy parafii działają m.in. Żywy Różaniec, Ruch Szensztacki, wspólnota Boskie Oblicze, chór parafialny, schola dziecięca. Od 1984 roku do 18 czerwca 2019 roku proboszczem był ks. kanonik Roman Januszewski, następnie ks. kanonik Maciej Sobczak.